Der Beirat, das Leitungsgremium des Gesprächsforums, setzt sich aus Persönlichkeiten aus Politik, Zivilgesellschaft, Wissenschaft und Wirtschaft zusammen. Es sind Menschen, die sich aktiv für die deutsch-tschechischen Beziehungen engagieren. Die Mitglieder werden von den Außenministern beider Länder für eine Amtszeit von zwei Jahren ernannt. Zwei Mal jährlich treffen sich die Vorsitzenden und die jeweils 14 Mitglieder abwechselnd in Deutschland und Tschechien. Sie analysieren den gegenwärtigen Stand der Beziehungen und zeigen Perspektiven zur Fortentwicklung der Zusammenarbeit auf. Außerdem werden für die deutsch-tschechische Öffentlichkeit relevante Themen benannt und für die Jahreskonferenz vorbereitet.

Deutscher Vorsitzender des Beirates ist Hoher Repräsentant für Bosnien und Herzegowina Christian Schmidt. Tschechischer Vorsitzender ist Dr. Libor Rouček, stellvertretender Präsident des Europäischen Parlaments a. D.

Von 1998 bis 2004 traf sich als leitendes Gremium der sogenannte Koordinierungsrat mit je 20 deutschen und tschechischen Mitgliedern. Dieser wurde ebenfalls von beiden Regierungen auf jeweils zwei Jahre ernannt.